fix(gen): Phase B+ 与链接跳过 App 源文件，修复链接 duplicate symbol

Scene3D 的 App 源文件 gfx.vp 同时被 includes 扫描（includes 目录 ../..
=ViperOS 含 Apps/），且被 main.vp import → 进入可达集合 → Phase B+ 编译
一份 .obj 到 includes_binary，与 Phase A/B 编译到 output/ 的 .obj 同
sha1 同符号（9aab6ff7475c1bbf.Vec3.__init__ 等）→ ld.lld duplicate symbol。

- Phase B+ 编译循环：sha1 命中 App 源文件（entries）则跳过（其 .obj 已由
  Phase A/B 产出到 output/）
- 链接期 reachable obj 收集：同样跳过 App 源文件，避免 includes_binary
  残留同 sha1 .obj 与 output obj 重复入链

App/lib/Phase/Phase2/__init__.vp

@@ -1323,6 +1323,22 @@ def RunMultiFileProject(mb: memhub.MemBuddy | t.CPtr,
                     # 获取当前条目的 SHA1 和 rel_path
                     inc_sha1_mi: str = store_sha1_arr_mi + t.CSizeT(ti) * 17
                     inc_rel_mi: str = store_rel_arr_mi + t.CSizeT(ti) * StubMerger.MAX_REL_PATH_LEN
+                    # 跳过 App 源文件：App 文件可能同时被 includes 扫描（includes
+                    # 目录含 source_dir 上层，如 ViperOS 含 Apps/），且被其他 App
+                    # import（Scene3D 的 gfx.vp）→ 在可达集合中。若 Phase B+ 再编译
+                    # 一份 .obj 到 includes_binary，与 Phase A/B 编译到 output/ 的
+                    # .obj 同 sha1 同符号 → 链接 duplicate symbol
+                    # （9aab6ff7475c1bbf.Vec3.__init__ 等，Scene3D 根因）。
+                    app_skip_mi: int = 0
+                    for ai_mi in range(file_count):
+                        ea_ap: t.CUInt64T = t.CUInt64T(entries) + ai_mi * entry_size
+                        ent_ap: SrcFileEntry | t.CPtr = (SrcFileEntry | t.CPtr)(t.CVoid(ea_ap, t.CPtr))
+                        if ent_ap is not None and ent_ap.Sha1 is not None:
+                            if string.strcmp(ent_ap.Sha1, inc_sha1_mi) == 0:
+                                app_skip_mi = 1
+                                break
+                    if app_skip_mi != 0:
+                        continue
                     # 检查 .obj 是否已存在于 includes.binary（切片子目录）
                     ibd_len_mi: t.CSizeT = string.strlen(includes_binary_dir)
                     check_pat_mi: str = StubMergerCollect._sliced_path(includes_binary_dir, ibd_len_mi, inc_sha1_mi, "obj")
@@ -1612,6 +1628,20 @@ def RunMultiFileProject(mb: memhub.MemBuddy | t.CPtr,
                 rsha1_pc: str = reachable_set + t.CSizeT(ri_pc) * 17
                 if rsha1_pc[0] == '\0':
                     continue
+                # 跳过 App 源文件：其 .obj 已在 output/（Phase A/B 编译，obj_paths
+                # 已入 final_obj_paths），若 includes_binary 残留同 sha1 的 .obj
+                # （上一轮/缓存），收集进来会与 output obj 同符号 → 链接
+                # duplicate symbol（Scene3D gfx 9aab 根因）。
+                app_skip_pc: int = 0
+                for ai_pc in range(file_count):
+                    ea_pc: t.CUInt64T = t.CUInt64T(entries) + ai_pc * entry_size
+                    ent_pc: SrcFileEntry | t.CPtr = (SrcFileEntry | t.CPtr)(t.CVoid(ea_pc, t.CPtr))
+                    if ent_pc is not None and ent_pc.Sha1 is not None:
+                        if string.strcmp(ent_pc.Sha1, rsha1_pc) == 0:
+                            app_skip_pc = 1
+                            break
+                if app_skip_pc != 0:
+                    continue
                 obj_path_pc: str = StubMergerCollect._sliced_path(includes_binary_dir, ibd_len_pc, rsha1_pc, "obj")
                 if obj_path_pc is not None:
                     # 检查 .obj 文件是否存在